Tutkimuksen nimi

Mykobakteeri -lajimääritys

ATK-numero

80860

Tutkimuspaikka

Kansanterveyslaitos, Mykobakteerilaboratorio, Kiinamyllynkatu 13, 20520 Turku

Lähete

Mykobakteerilähete täytettynä erikseen jokaiselle näytteelle. Saatavana KTL:n Turun toimistosta puh. 02 3316600

Näyte

Positiivinen mykobakteeriviljely (kanta) joko kiinteällä kasvualustalla tai nestemäisessä mediumissa. Jokainen putki/pullo suljetaan muovipussiin, pakataaan pahviseen kuljetuskoteloon pehmusteisiin käärittynä ja lähetetään postitse infektionäytteiden lähettämiseeen tarkoitetussa mustakeltaraitaisessa muovikuoressa. Kuljetuskoteloita voi tilata mykobakteerilaboratoriosta.

Suoritus

1-3 kertaa viikossa.

Indikaatio

Mykobakteeriviljelmässä havaitaan haponkestävää sauvaa.

Menetelmät

- Auramiinivärjäys
- Kaupallinen nukleiinihappohybridisaatiotesti (GenoType®
Mycobacterium CM seuraaville mykobakteereille:
M. abscessus, M. avium ssp., M. chelonae, M. fortuitum 1, M. fortuitum 2, M. gordonae,  M. intracellulare, M. interjectum, M. kansasii, M. malmoense, M.marinum, M. peregrinum, M. scrofulaceum, M. tuberculosis complex ja M. xenopi.
- 16S rRNA-PCR-tuotteen emäsjärjestyksen selvitys sekvensoimalla.
Saatua emäsjärjestystä verrataan vastaaviin tunnettuihin sekvensseihin ja vertailun perusteella määritetään mykobakteerilaji.
- M. tuberculosis- kompleksin kannoista voidaan erotella M. tuberculosis: kaupallisella nitraatin pelkistys - testillä (Nitrite test strips, Bacto), M. bovis BCG : BCG-PCR:lla ja
M. bovis : OXY-R-PCR:lla

Alustava tunnistusvastaus annetaan viikon sisällä näytteen saapumisesta mykobakteerilaboratorioon. Lopullinen tunnistustulos vastataan herkkyystulosten yhteydessä noin kolmen viikon kuluttua näytteen saapumisesta.

Tulkinta

Tavallisista mykobakteereista ei tulkintaa, harvinaisemmista annetaan kliinistä merkitystä koskeva arvio.

Virhelähteitä

Kannan epäpuhtaus, näytteen niukkuus, GenoType Mycobacterium-testien herkkyys, PCR-tuotteen virheet.

1.Kirchner et al. J. Clin. Microbiol. (1993) 31: 2882-2889
2.Talbot et al. J. Clin. Microbiol.(1997) 35:566-569
3.Espinosa et al. J. Clin. Microbiol. (1998) 36: 239-242