Osastollamme toimii DNA-eristysyksikkö, jonka toimesta eristetään noin 500 DNA-näytettä viikossa. Lisäksi yksikön toimenkuvaan kuuluu isojen DNA-näytemateriaalien hallinta, säilytys ja aliquotointi.

Olemme eristäneet useita lukumäärällisesti laajoja DNA aineistoja (in english). Tähtäämme siihen, että osastollamme, KTL:lla ja yhteistyökumppaneillamme olisi mahdollisuus saada korkealaatuista DNAta nopeasti, kilpailukykyisellä hinnalla ja standardisoiduilla metodeilla.

Käytämme DNA:n eristykseen pääasiassa automaattista Autopure LS DNA-eristyslaitetta DNA-eristyslaitetta, kaupallista suolasaostukseen perustuvaa kittiä sekä hiukan modifoitua Fenoli-kloroformi eristysmetodia. DNA-eristys-tiimissämme on 7 eristäjää ja eristysvastaava. Samat henkilöt vastaavat näytteiden vastaanotosta ja tietohallinnasta ja tarvittavasta näytteiden poiminnasta ja jakamisesta.

Uuden projektin aloittaminen

Olemme luoneet sisäistä projektinhallintaa varten kaavakkeen, joka pitää sisällään oleellisimmat tiedot aloitettavasta projektista. Tämä lomake pyydetään täyttämään mikäli 1) aloitettava projekti pitää sisällään DNA-eristystä verinäytteistä tai kudoksista 2) jo eristetyistä näytteistä pyydetään alikvaattia. Käsittelemme näitä näytteidenkäsittelypyyntöjä kerran kuukaudessa DNA-johtoryhmässä, jonka hyväksynnän jälkeen voimme aloittaa näytteiden käsittelyn. Kaavakkeen täytössä teitä auttaa DNA-eristysvastaava Outi Repola. Tästä voit tulostaa/ladata kaavakkeen sisältävän pdf-tiedoston (832 K).

DNA-eristyksen kustannukset

DNA-yksikön eristysvastaavalta saatte sekä yhteistyöprojektien että tilaustutkimusten DNA-eristyshinnat. Näyte-alikvaattien toimittamisesta laskutamme korvauksen tehdystä työstä. Käytössämme on optimoitu menetelmä DNA-näytteiden laimentamiseksi tasakonsentraatioon Pico Green (51 K). fluorokromimittauksen avulla. Näin laimennetuista näytteistä normaalin PCR-reaktion onnistumisprosentti on vähintään 98 %, jopa kun käytetään vain 5ng DNA:ta reaktiossa. Menetelmässä on tiettyjä rajoituksia DNA:n tavoitekonsentraation suhteen, DNA-eristysvastaava neuvoo teitä tässä asiassa. Mikäli toivotte, että näytteenne toimitetaan kyseisen menetelmän avulla tasakonsentraatioon laimennettuina, toivomme teidän ilmaisevan sen näytteidenkäsittelypyyntö –kaavakkeessa. Tasakonsentraatioon laimennetuista näytteistä veloitamme materiaali- ja työkuluja taulukossa ilmoitetun summan.

Näytteiden vastaanotto

Meillä on paljon kokemusta näytteiden vastaanotosta.Käytämme tarkoitukseen mittatilaustyönä tehtyä tietokantajärjestelmää, joka on suunniteltu pyrkien mahdollisimman vähäisiin vastaanotto- ja koodausvirheisiin. Järjestelmän toimiminen vaatii että DNA-eristysvastaavaan ollaan yhteydessä ennenkuin näytteiden keräys alkaa. Emme kuitenkaan edellytä tätä, vaan otamme vastaan myös muulla tavalla kerättyjä näytteitä tarvittaessa.

Verinäytteiden lähettäminen

Verinäytteet DNA-eristystä varten postitetaan erikoiskirjekuorissa.

Olemme laatineet esimerkinomaisesti englanniksi, ruotsiksi ja suomeksi ohjeet laboratorioille näytteiden käsittelystä. Tutkimushenkilölle menevän kirjeen on yleensä laatinut henkilöiden valinnasta vastaava tutkimusryhmä. Me emme eristä näytteitä, joista meillä ei ole tietoa etukäteen tai joita koskevaa tutkimussuunnitelmaa ei ole hyväksytty asianmukaisessa eettisessä toimikunnassa. Helpoiten eristys sujuu, jos saamme listan kerättävistä näytteistä etukäteen.

Näytteet DNA-eristystä varten tulisi koodata viivakoodilla. Teemu Perheentupa (sähköposti: etunimi.sukunimi@ktl.fi) antaa tarvittaessa yksityiskohdat käyttämästämme viivakoodijärjestelmästä. Voimme myös tarvittaessa tulostaa näytetarrat yhteistyökumppaneillemme täällä. Jos viivakoodin käyttö ei ole mahdollista, tulisi näytteiden tunnistusjärjestelyjä varten ottaa yhteys DNA-eristysvastaavaan.

Eristykseen tulevissa näyte(veri)putkissa ei tulisi olla muita tarroja. Missään nimessä ei muita tarroja tai käsin tehtyjä merkintöjä saa sijoittaa viivakoodin päälle. Lisäksi putkissa ei saa olla viitteitä tutkittavaan tautiin tai henkilön nimeä tai sosiaaliturvatunnusta, ainoastaan tutkimusnumero. Tutkimushenkilöiden tietosuoja on meille hyvin tärkeää ja haluamme käyttää vain tutkimuskohtaisia henkilönumeroita ja projektitunnistetta. DNA-eristysvastaavamme kertoo mielellään lisätietoja tästä asiasta.

Eristykseen tulevat näytteet tulisi postittaa mielellään samana tai viimeistään seuraavana arkipäivänä. Perjantaina otetut näytteet olisi hyvä säilyttää jääkaappissa viikonlopun yli ja postittaa maanantaina. Näytteen laatu ei vaarannu sen kulkiessa asianmukaisessa pakkauksessaan tavallisessa postissa. Postitusosoite on hyvä projektin alussa tarkastaa DNA-eristysvastaavalta.

Näytteiden hallinta

Eristetty DNA viivakoodataan ja varastoidaan kahdessa osassa (100 µl ja 400 µl) -20° C-asteessa. jokaisesta näytteestä kirjataan sen varastointisijainti ja eristystiedot tietokantaamme NÄYTETIETOKANNAT-ohjelmiston avulla. (paradox-pohjainen, (c) Aki Suomalainen). Vain tietyillä henkilöillä osastollamme on pääsy tähän tietokantaan ja jokainen tietokannan käyttö rekisteröidään.

Tietokannassa ei ole muita henkilöntunnistustietoja kuin tutkimus-kohtainen henkilönumero.

Uusille projekteille suosittelemme verinäytteiden lähettämistä pakastamattomina postitse (ks. ohjeet). Tällöin voimme käyttää eristykseen Autopure LS DNA-eristysrobottia. Jos näyteputkia tulee eristykseen useampia kuin yksi, rutiinisti niistä yksi eristetään ensin Autopure-robotilla ja toinen putki sen jälkeen kun ensimmäisestä saatu DNA on läpäissyt laatukontrollin. Pakastettujen näytteiden eristys tapahtuu samalla periaatteella, joskin toisen putken eristystä ei voida luvata tapahtuvaksi yhtä nopeasti kuin pakastamattomilla näytteillä. Pyydettäessä voidaan halutuista näytteistä pipetoida osa tutkimustarkoituksiin toimestamme muutamassa päivässä.

Miten saada Kansanterveyslaitoksen hallussa olevia DNA-näytteitä?

Ensin näytteiden käyttö on hyväksytettävä eri näytekokoelmien vastuuhenkilöillä tai -ryhmillä. Kun näytteiden käyttö tutkimustarkoitukseen on hyväksytty, pyydämme täyttämään näytteidenkäsittelypyyntö kaavakkeen. Pyyntöjä käsitellään DNA-johtoryhmän palaverissa kuukausittain. Näytteistä tarvitsemme tiedoksemme ainoastaan yksinkertaisen tekstitiedoston, josta ilmenee pyydettävien näytteiden tunnukset. Luonnollisesti tutkimus täytyy olla hyväksytetty eettisessä toimikunnassa, tarvitsemme tästä hyväksynnästä kopion. Jos kyseessä ei ole tutkimusyhteistyö osastomme ja pyytävän yksikön välillä, laskutamme korvauksen pipetointiin käytetystä työstä. Olkaa hyvä ja sopikaa käytännön järjestelyistä DNA-eristysvastaavamme kanssa.

Vastaava lääkäri: Dosentti Markus Perola (sähköposti: etunimi.sukunimi@ktl.fi)

DNA-eristysvastaava: Outi Törnwall (Repola) (sähköposti: etunimi.sukunimi@ktl.fi)

Eristäjät:

Törnwall (Repola) Outi (koordinaattori)
Köck Sari
Lähteenmäki Sini
Rantanen Katri (ÄL)
Sistonen Tuuli
Terola Arja (materiaalivastaava)
Wong Regis

DNA-johtoryhmän jäsenet:

Peltonen Leena
Kaprio Jaakko
Perola Markus
Saarela Janna
Alanne Mervi
Törnwall (Repola) Outi

Lisätietoja

Eristysvastaava
Outi Törnwall (Repola)
(sähköposti: etunimi.sukunimi@ktl.fi)