Publisher

National Public Health Institute

Projektissa tutkitaan HIV:n epidemiologiaa, eli tartuntatapojen, -reittien, alkuperän ja tapausten määrissä tapahtuvia muutoksia käyttäen hyväksi viruksen geenien markkereita. Geenimarkkerien hyvä puoli epidemiologisessa tutkimuksessa on että ne ovat objektiivisia ja anonyymeja mittareita.

Tutkimuslinja perustuu siihen, että HIVistä on olemassa erilaisia muotoja kuten HIV-1 ja HIV-2. Nämä virukset aiheuttavat kummatkin samaa tautia, eli AIDSia. Toisistaan ne eroavat mm. siten että HIV-2 johtaa AIDSin puhkeamiseen keskimäärin hieman hitaammin kuin HIV-1. Virukset voidaan erottaa geenisekvenssin perusteella, sillä ne eroavat toisistaan n. 40-50%.

HIV-1, joka aiheuttaa yli 99% kaikista HIV/AIDS tapauksista, jaetaan edelleen geenivertailujen perusteella useaan alatyyppiin. Alatyypit on nimetty A:sta K:hon ja niiden väliset erot geenisekvenssivertailussa ovat n. 15-30%, genomialueesta riippuen. Alatyypiit erotetaan toisistaan ns. alatyyppimääritystestillä, joka perustuu viruksen tiettyjen geenialueiden emäsjärjestyksen selvittämiseen (DNA-sekvensointiin) ja sitä seuraavaan sukupuu-analyysiin. Sukupuu-analyysissa eri alatyypit ryhmittyvät sukupuussa omiin haaroihinsa. Alatyyppien lisäksi tunnetaan ns. rekombinanttimuotoja (joita myös kutsutaa rekombinattialatyypeiksi) jotka ovat syntyneet yhdistämällä osia "puhtaista" alatyypeistä.

Alatyyppien esiintyvyys eri maissa ja maanosissa vaihtelee huomattavasti. Näin esimerkiksi Pohjois-amerikassa B-alatyyppi on tavallisin, kun taas Itä-euroopassa ja Kaukaasiassa tavallisin muoto kuuluu A-alatyyppiin. Intiassa ja Kiinassa C-alatyyppi on tavallinen, ja Kaakkoisaasiassa AE-rekombinattimuoto on yleisin. Afrikan eri maista tavataan laaja kirjo kaikkia alayyppejä. Euroopassa tilanne on jossain määrin kirjavampi kuin Pohjoisamerikassa. Useassa Euroopan maassa B-alatyyppi on vallitsevin muoto, mutta viime aikoina muiden alatyyppien osuus on kasvanut. B-alatyypin dominanssi johtuu siitä että HIV-epidemia tuli Eurooppaan pää-asiallisesti Pohjoisamerikasta 1980-luvun alkupuolella, jolloin B-tyyppi pääsi vallitsevaan asemaan.

Suomeen HIV tuli 1980-luvun keskivaiheilla, ja vuosina 1988-1994 B-alatyypin suhde muihin alatyyppeihin oli n. 3:1:een. Vuonna 1998 tilanne kuitenkin muuttui, koska Suomessa puhkesi ensimmäinen suonensisäisten huumeiden käytön välityksellä leviävä HIV-epidemia.

Alatyyppimääritystä, ja laajemminkin geneettistä sukulaisuutta voidaan käyttää markkerina selviteltäessä virusten leviämisreittejä. Lisäksi tiettyjen kantojen ja tartuntatavan välillä on vahvat linkit.

Käytämme HIV-alatyyppimääritystä epidemian seurantaan ja sen kehittymisen arviointiin. Yhdessä tartuntatautirekisterin HIV-tilastojen kanssa tiedot antavat epidemiasta kattavan kuvan ja luovat edellytyksiä torjuntatyön mahdollisimman hyvään kohdistamiseen.