Rokotettaessa elimistölle annetaan tautia aiheuttavaa mikrobia tai sen osaa sellaisessa muodossa, että se saa elimistössä aikaan suojan, aktiivisen immuniteetin, tätä taudinaiheuttajaa vastaan. Suoja muodostuu joko vasta-aineista tai soluvälitteisestä immuniteetista ja kohdistuu rokotuksen jälkeen aina juuri kyseistä bakteeria, virusta tai toksiinia (myrkkyä) vastaan. Näin suoja, joka voi olla jopa infektion antamaa suojaa parempi, saadaan ilman sairauden aiheuttamia kiusallisia tai vaarallisia oireita.

Aktiivinen immuniteetti synnytetään antamalla rokote sopivasti elimistöön. Vaikka rokote useimmiten pistetään neulalla, on muitakin mahdollisuuksia olemassa. Termi ´rokotus´ ei siis tarkoita samaa kuin pistos - toisin kuin yleisesti ajatellaan. Osa rokotteista voidaan antaa suun kautta liuoksena tai kapseleina. Myös rokottamista limakalvojen kautta tutkitaan nykyisin aktiivisesti: tulevaisuudessa rokotebanaani tai -aerosoli saattavat korvata nykyiset pistettävät rokotteet.